1996年4月，長春亞泰在付出每名球員兩萬人民幣的培養費後從瀋陽綠茵足校引進了一批1981年至1982年出生包括杜震宇、王棟、張笑非、姜鵬翔、高健、曹添堡、張寶峰在內的球員。
1996年6月6日，長春亞泰足球俱樂部正式成立。
1997年，長春亞泰首次參加乙級聯賽。
1999年末，長春亞泰和新升入甲B聯賽中的八一超能合作，獲得翌年的甲B聯賽資格。
2000年，球隊在殷鐵生的率領下在甲B聯賽中獲得第五名。同年底長春亞泰與八一超能合作破裂了，長春亞泰決定花1500萬元買斷八一超能。
2001年，長春亞泰獲得甲B聯賽亞軍，但是因為涉嫌參與打假球成為「甲B五鼠」之一，而被中國足協取消升級資格且被重罰。
2003年，長春亞泰獲得甲B聯賽冠軍，但當年聯賽並無升降級。
2004年，中國足球甲級聯賽始創球隊之一。
2005年，在中國足球甲級聯賽奪得亞軍並升級到中國足球超級聯賽。
2006年，在俱樂部首個中超賽季便取得殿軍的佳績。
2007年，在高洪波的執教下獲得了中國足球超級聯賽冠軍，也是隊史上首奪頂級聯賽冠軍，成為繼大連實德、上海申花、山東魯能及深圳健力寶後，歷來第五支奪得中國頂級職業聯賽冠軍的球隊。
2008年，球隊首次出戰亞洲最高榮譽的亞洲冠軍聯賽，於分組賽在未嘗敗績的情況下僅以2分落後予澳洲的阿德萊德聯排行第2，未能出線淘汰賽階段，成績已屬不俗。
2009年，在中超歷史上最為局面最為混亂的一年裡，長春亞泰和其他球隊一樣有過大起大落，不過憑藉後半程較為穩定的發揮最終贏得了聯賽亞軍的驕人成績。
2010年3月，長春亞泰在亞洲冠軍聯賽F組的一場小組賽中，藉助主場零下15度的嚴寒，以9：0的比分狂勝印尼冠軍佩西普拉，創造了中國球隊在亞冠賽場上的最大比分紀錄。[2]
2018賽季中，長春亞泰以8勝8平14負的成績，在與重慶斯威、天津泰達同積32分條件下，因相互戰績差而遭降級。[3]長春亞泰成為繼中超元年的深圳健力寶之後，第二支降級的中超冠軍球隊。[4]
2019年7月20日，原長春亞泰俱樂部董事長劉玉明因胃癌醫治無效，於凌晨1時在醫院去世，享年64歲。劉玉明為長春市足球、吉林省足球和中國足球的發展做出了巨大的貢獻。
2020賽季，在特殊賽制下，長春亞泰第一階段以6勝3平1負的成績獲得常州賽區頭名，進入爭冠組。2020年11月8日，在中甲爭冠組最後一輪比賽中，長春亞泰3-0擊敗成都興城人居，以4勝1平、一球未失的不敗戰績結束第二階段賽事，在奪得2020賽季中甲冠軍的同時，時隔兩年重返中超。